Trường học của chúng tôi là lý do quan trọng nhất khiến nhiều gia đình chuyển đến Mercer Island. Với một trường trung học, một trường trung học cơ sở, bốn trường tiểu học và một trường trung học thay thế, Khu học chánh Mercer Island có truyền thống xuất sắc.
Nhờ điểm thi chuẩn hóa thuộc loại cao nhất trong tiểu bang, sự tham gia tích cực của phụ huynh và dân số có trình độ học vấn cao, các trường học trên Đảo có tỷ lệ tốt nghiệp rất cao. Tỷ lệ bỏ học thực tế gần bằng không, một phần là nhờ Trung tâm học tập Crest, một trường trung học thay thế phục vụ cho học sinh có phong cách học tập khác nhau hoặc yêu cầu lịch trình đặc biệt. Hơn 90 phần trăm học sinh tốt nghiệp Trường trung học Mercer Island tiếp tục học đại học.
Quỹ trường học Mercer Island gây quỹ cho các trường công lập và đóng vai trò là mô hình cho các quỹ trường công lập khác trong tiểu bang.
Trường St. Monica là trường Công giáo phục vụ 250 học sinh từ mẫu giáo đến lớp tám. Trường French-American School of Puget Sound là trường ngôn ngữ song ngữ và theo phong cách nhập môn, hiện đang phục vụ khoảng 225 học sinh. Trường trung học Northwest Yeshiva là trường trung học Do Thái chính thống tư thục với số học sinh ghi danh khoảng 130.
Trên Đảo còn có một số trường học nhỏ được nhà nước công nhận và các công ty tư vấn giáo dục cung cấp dịch vụ đánh giá, kèm cặp và các khóa học lấy tín chỉ cho tất cả các môn học cho đến hết trung học.