Según la leyenda, los indios Duwamish, que vivían en lo que luego se convertiría en la zona metropolitana de Seattle, creían que la isla Mercer estaba habitada por un espíritu maligno. Por ello, se mantenían alejados de la isla, salvo para recoger bayas silvestres durante el día. Otra historia se relaciona con la creencia de los Duwamish de que la isla se hundía en el lago cada noche y volvía a surgir por la mañana.
Al principio, la isla Mercer tardó en atraer colonos, un hecho que hoy debe parecer increíble dado el mercado inmobiliario actual. A pesar de todo, los primeros colonos llegaron y se fueron. En 1860, la isla Mercer recibió el nombre del juez Thomas Mercer, uno de los tres hermanos Mercer que se encontraban entre los primeros colonos de la zona de Seattle. En 1885, Charles y Agnes Olds, la “primera familia” de la isla, se establecieron en ella. Poco después, otros colonos comenzaron a establecerse en la isla.
A principios del siglo XX, un empresario adinerado llamado CC Calkins construyó un hotel muy grande, el Calkins Hotel, en el lado oeste de la isla. Pero después de unos pocos años, la suerte de Calkins cambió y tuvo que vender el hotel. Un incendio lo destruyó en 1908 y con él los sueños de Calkins de convertir la isla en un centro turístico de moda.
Poco a poco, la población de la isla fue creciendo y los barcos de vapor transportaban personas y mercancías a través del lago Washington. No fue hasta 1940, cuando se construyó un puente entre Mercer Island y Seattle (el puente flotante de hormigón más grande del mundo), que la población comenzó a crecer. Antes de que se terminara el puente, la población era de unos 1.200 habitantes. Una década después, era de 4.500 y, cuando Mercer Island se incorporó a la ciudad en 1960, era de 12.000.
En la década de 1980, la conexión de la isla con Seattle fue reemplazada por un nuevo puente flotante con dos túneles. La Interestatal 90 se construyó en el extremo norte de la isla, en el tramo más costoso y ambientalmente creativo de la carretera interestatal en los Estados Unidos. Con la nueva carretera interestatal, Mercer Island obtuvo el Parque en la Tapa de 22 acres, con campos de juego, canchas de tenis y zonas verdes sobre los carriles de la carretera interestatal.
A medida que la región de Puget Sound continúa adaptándose al crecimiento, Mercer Island espera que el tren ligero Sound Transit cruce la isla y se detenga en la estación de Mercer Island. Esto brindará a los residentes y visitantes un modo de transporte conveniente y respetuoso con el medio ambiente y hará que Mercer Island sea un lugar aún más conveniente para vivir, trabajar y hacer negocios.